余宏杰课题组在新冠病毒Omicron株的流行病学领域取得进展
近期，复旦大学余宏杰课题组在新冠病毒奥密克戎（Omicron）变异株的流行病学及传播动力学领域取得进展，研究成果以“Epidemiological characteristics and transmission dynamics of the outbreak caused by the SARS-CoV-2 Omicron variant in Shanghai, China: a descriptive study”为题，于9月7日在线发表在Lancet Regional Health - Western Pacific（论文链接: https://doi.org/10.1016/j.lanwpc.2022.100592）。自2020年第一波新冠肺炎疫情结束后，我国坚持“动态清零”的防控策略，快速遏制了新冠病毒多种变异株引起的暴发。然而，随着Omicron变异株的出现和全球流行，2022年初，我国多地暴发了Omicron变异株引起的新冠疫情，其中上海的疫情最为严重。在疫情暴发前，与全球其他地区相比，上海人群自然感染的免疫水平极低，且主要接种灭活疫苗。而作为人口密度和经济发展水平较高的城市，上海承担了我国30-40%的境外输入航班，境外输入压力巨大。上海Omicron疫情暴发后，尚无研究系统描述Omicron变异株在上海暴发流行的全过程。为此，余宏杰课题组开展了一项流行病学研究，旨在阐述上海Omicron疫情的流行病学特征及传播动力学参数的动态变化。课题组通过网上公开来源，系统收集了上海市所有新冠病毒感染者（包括有症状患者和无症状感染者）的个案信息。根据上海市采取的防控措施和疫情流行情况，将疫情划分为三个阶段（1月1日-2月28日；3月1日至3月31日；4月1日至5月31日），进而分阶段描述了防控措施、感染者的时空分布和疫情的空间扩散，并估计了第二和第三阶段有效再生数（Rt）的动态变化。研究结果表明，第一阶段上海市面临不断升高的境外输入压力，大部分境外输入病例来自中国香港特区。其中，2月份到达上海的境外旅客（经航空途径）的阳性率高达96.3例/10万。随后上海本土疫情暴发，截至5月底累计报告了超62万例本土感染者。其中，96%的感染者来自于隔离管控人群，且不同阶段存在差异。本次疫情在上海呈现了深度的社区传播，波及了99.5%（215/216）的街道/镇，且存在显著的空间分布异质性，37%的街道/镇报告了80%的感染者。在疫情的空间扩散层面，出现了市中心向郊区扩散的趋势，且平均扩散速度逐步下降，从第一周的463米/天下降到全市封控前最后一周的244米/天（图1）。file:///C:/Users/acer/AppData/Local/Temp/ksohtml15628/wps4.png 图1. 疫情不同阶段的空间扩散趋势和传播速度上海市政府在疫情的第二阶段采取了网格化管理策略，将街道分为重点区域（高风险区）和非重点区域进行管理。研究进一步将非重点区域分为毗邻重点区域的非重点区域（中风险区）和不毗邻重点区域的非重点区域（低风险区）。结果发现，3月16日至3月29日，高风险区的累计感染率高于中风险区和低风险区，但该网格化管理策略仍无法将三个风险区的Rt降至流行阈值以下（图2）。file:///C:/Users/acer/AppData/Local/Temp/ksohtml15628/wps5.png 图2.第二阶段中不同风险区域的疫情动态变化总体而言，第二阶段的疫情增长率为0.216/天，倍增时间为3.21天，与2022年初香港特区Omicron疫情的结果相近。4月1日全市实施了封锁，两周后Rt降至流行阈值以下，有效遏制了本次疫情的进一步蔓延（图3）。 file:///C:/Users/acer/AppData/Local/Temp/ksohtml15628/wps6.png 图3.上海市Rt的动态变化综上，本研究定量描述了Omicron变异株在上海暴发的时空传播特征，揭示了不同阶段干预措施对疫情传播的动态影响。研究结果强调了在不断增加的境外输入压力下，我国持续面临着本土疫情暴发流行的风险。面对免疫逃逸能力和传播能力均有所增强的Omicron变异株，尽管需要一系列高强度的非药物性干预措施，但“动态清零”的策略依然可以有效控制疫情的暴发。在未来的研究中，可定量评估特异的非药物性干预措施的效果，从而更好地为疫情防控提供决策依据。复旦大学公卫学院2022级博士生陈志元、2020级博士生邓晓伟和军科院方立群研究员为共同第一作者，复旦大学公卫学院教授、上海市重大传染病和生物安全研究院双聘PI余宏杰和公卫学院青年研究员张娟娟为共同通讯作者。本研究得到国家自然科学基金重点项目（82130093）和上海市青年科技启明星项目（22QA1402300）的资助。 好贴
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