[转移贴]新型冠状病毒测序完成
原贴由ipsvirus发表于 2012-11-27 20:05前段时间,一种与“非典”病毒相近的新型冠状病毒的出现曾引起公众高度关注，11月13日英国卫生部门发布了这种病毒的完整基因组测序结果，希望有助于对其研究和防治。The England 1 Coronavirus genome (England1_CoV)（已提交GenBank,还未给出accession number ）在英国卫生防护局网站上可查询到相关信息。http://www.hpa.org.uk/webw/HPAweb&HPAwebStandard/HPAweb_C/1317136246479
目前在英国接受治疗的病毒感染者是一名卡塔尔人，确诊时间是今年９月份。他在从沙特旅游回到卡塔尔后，9月3日出现发烧、呼吸困难等症状。11日，该患者从卡塔尔紧急转送至英国接受治疗，已出现肾衰竭现象。23日，患者被确认感染了一种新型冠状病毒。这是全球第二例新型冠状病毒病例，首个病例是一名沙特阿拉伯人，于今年６月确诊并已死亡。11月13日英国卫生部门发布了这名卡塔尔人感染的新型冠状病毒全基因组测序结果，基因分析显示，与新型冠状病毒最接近的是一种蝙蝠冠状病毒，而不是ＳＡＲＳ病毒。
Figure 1: phylogenetic analysis of England1_CoV
11月20日美国微生物学会旗下mBio杂志报道了另一例新型冠状病毒HCoV-EMC/2012的全基因序列：Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans。全基因序列在此之前已提交GenBank: JX869059.2。该研究中HCoV-EMC/2012病毒基因组测序达到了90%的覆盖度，并且通过传统Sanger测序进行了验证。研究人员通过进化分析，将该病毒分入Betacoronavirus属，在已测序的病毒中与它亲缘最近的是BtCoV-HKU4和BtCoV-HKU5，这两种病毒分别分离自亚洲的扁颅蝠Tylonycteris pachypus和普通伏翼蝠Pipistrellus abramus。HCoV-EMC/2012与BtCoV-HKU5病毒序列只有77%的相似度，这样的差异使其完全有资格被称为新型病毒。
Figure 2: Phylogenetic trees for HCoV-EMC/2012 and selected other coronaviruses.
序列比对发现England1_CoV与HCoV-EMC/2012病毒非常吻合，说明它们属于一种病毒，它们之间又存在感染时间差异暗示二者可能并非来自同一个感染源。
Figure 3: phylogenetic analysis of complete coronovirus genomes
新型冠状病毒基因组的公布有助于探明新病毒来源及其与疾病的关系，进而有助于对其的基础研究和防治。
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