病毒种类繁多，基因组结构组成、遗传物质的合成和传递方式也多样。可能，所有病毒共有某一种起源方式。也可能，当今世界的病毒是通过多种方式起源的。近几年，基因组学等相关学科发展迅速，最终答案也许不需要等太长时间。
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注释和参考文献：
本文改写自Wessner, D. R. (2010) The Origins of Viruses. Nature Education 3(9):37，有删补。顺便说一下，Nature Education是一个很好的网络资源，其中介绍的很多知识深入浅出，非常适合非专业人士扩展知识面，当然也非常适合作为课堂教学的辅导材料。我个人感觉，这些材料的易读性大于Nature的News and Views及其他期刊的类似栏目论文，也比Scientific American等科普期刊易懂。
1、Bernard La Scola et al. (2008). The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus. Nature 454 (7205): 100–4. doi:10.1038/nature07218
2、Evolution一词用来描述达尔文进化理论本不太合适。这个词有向前进（progress）的意思，好象是生物有简单到复杂有方向的进化。达尔文进化理论的核心是：随机突变，适应环境的生存下来，不适应的被淘汰掉，没有方向性，没有好坏、高低之分。中文把"evolution"翻译成"进化"，沿袭了"evolution"一词的不准确性。因此时不时就有学者呼吁将“进化”一词改为“演化”。我的看法是，大家已经习惯了evolution和进化，就这么用吧，化学中的“碳水化合物carbohydrate”不也就这么用着吗。只要我们的教学和科普跟上，误解会逐渐消除。
3、La Scola, B. et al. (2003). A giant virus in amoebae. Science 299, 2033.
4、Arslan, D. et al. (2011). Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108: 17486-17491.
5、Raoult, D. and Forterre, P. 2008. Redefining viruses: lessons from Mimivirus. Nat. Rev. Microbiol. 6: 315-319.
6、Moreira, D. and Lopez-Garcia, P. 2009. Ten reasons to exclude viruses from the tree of life. Nat. Rev. Microbiol. 7: 306-311. （此文的网页上有这两篇论文的后续争论的链接）