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标题: 关于PCR和引物设计的几个困惑 [打印本页]

作者: niuhuanhuan55 时间: 2016-7-15 11:59
标题: 关于PCR和引物设计的几个困惑
有几个问题最近一直困惑不解，查了很多资料也没找到答案，请各位高手指点一下
1、PCR引物设计为什么要选择保守区？仅仅是为了设计通用引物吗？
2、如果引物与模板结合区正好存在SNP，是否会导致PCR扩增不出来？
3、基因组DNA的PCR引物设计有什么特殊的注意事项吗？谢谢！

作者: ipsvirus 时间: 2016-7-15 15:39
你是做什么PCR？普通的扩增鉴定，还是realtime PCR？
不过从你的问题来看好像是扩增鉴定，
1.通用引物是一方面，保守区一般不会发生突变，对于扩增一些病毒的高变基因，如流感HA来说，这样设计引物就可以避免人为覆盖掉突变区域，甚至因突变导致的不能扩增等。
2.SNP是单个核苷酸突变，对于引物来说没有关系，能扩增出来，但是就像在1中说的，你设计的引物会人为覆盖掉突变区域，扩增出来的都是你的引物上的核苷酸。
3.基因组DNA的PCR应该也没有什么特别的地方吧，我也没做过，做的都是cDNA。基因组大，可能对你的引物特异性要求更高。

作者: niuhuanhuan55 时间: 2016-7-15 16:47
非常感谢楼主的热心帮助

作者: randomqd 时间: 2016-8-16 12:22
多谢楼主分享！

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