Discovery Studio Standalone
可视化界面，是利用Discovery Studio软件进行分子设计和模拟的基础，支持服务器-客户端安装在同一台机器上的运行模式。与Pipeline Pilot Server结合在一起，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。
Discovery Studio Visualizer Client
是服务器-客户端运行模式中、客户端的可视化界面，用于访问和使用服务器端的Discovery Studio软件。必须与服务器端配置的Pipeline Pilot Server协同工作，为用户提供无与伦比的数据、工作流程和计算资源共享。
DS Protein Refine
利用CHARMm对模建好的蛋白质进行侧链和loop区的优化，提高蛋白质模型性。
DS Protein Health
蛋白质三维结构合理性评价工具。Protein Health模块运用Profiles 3D方法，通过将三维结构的结构环境与特定氨基酸残基的优先外界环境相比较，获得相关结构性质与氨基酸序列信息之间的关系。通过Protein Health模块的分析，用户可以方便快速地找到蛋白质结构中不合理的区域。
DS Protein Families
通过分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三维结构上的保守残基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能机制。Protein Families的简单易用的流程（protocols），也可一步步地引导用户进行分析，从蛋白家族的序列或者结构比对，到进化踪迹分析。而进化踪迹分析包括用分层聚类的方法来建立蛋白家族系统树图以及把这些得到的功能注释信息画到你的三维结构上去。进行序列比对时，允许根据需要对比对结果添加约束，提高活性部位关键残基的比对效果。
DS Protein Docking
快速而准确的蛋白-蛋白复合物结构预测工具。该模块主要移植自InsightII的ZDOCK/RDOCK，ZDOCK用于蛋白-蛋白刚性对接，RDOCK则基于CHARMm能量极小化方法优化ZDOCK得到的结构。Discovery Studio中还提供了新的Process Pose (ZDOCK) protocol等强大的分析工具，实现对ZDOCK结果进行包括聚类分析在内的分析功能，帮助用户方便快速地缩小范围，锁定感兴趣的复合物结构。
DS Ludi
全新配体设计工具。使用Ludi来发现新的具有潜在活性的化合物，可节省研究者大量的时间。Ludi强大的设计工具允许使用者在实验分析之前模拟筛选，并允许对已有的化合物进行改造。Ludi易于操作，它包含有drug-like片段库，同时也允许用户将自己的分子片段加入到片段库中。
DS De Novo Evolution
在Ludi连接模式基础上发展而来的基于受体的小分子药物从头设计方法。在给定母核结构的情况下，DS De Novo Evolution可以自动地为研究人员设计潜在的与受体有高亲和力的小分子化合物，大大缩短了全新小分子药物发现及改造的周期。DS De Novo Evolution能够在一定分子骨架的基础上发现与受体结合位点结构和化学特征互补的全新小分子，并可以进行不同层次的优化，包括分子水平和片段水平，是设计Me-Better类药物分子的有力工具。同时使用者可以用试剂价格或象药性等原则来限定所设计连接点上的取代基，通过这种方法设计得到的分子可以是易于实验合成的或者是具有更好的药代动力学性质的。
DS LigandFit CAP/ DS Ludi CAP
在从头药物设计中一个普遍存在的问题是，并不是所有设计出的分子都能很快的合成出来或者有些分子根本无法合成。CAP (Chemicals Available for Purchase) 提供了超过65,000种可购买获得的分子结构，这些分子结构是用于药物筛选的第一选择，可以结合LigandFit或者Ludi使用。
DS Catalyst DB Build
建立及管理化合物的三维结构数据库，它可以与MDL ISIS数据库建立联系。
DS Catalyst DB Search
基于药效团进行数据库搜索的工具，可以帮助科研人员查找到可能的先导化合物。这些可检索的药效团中包含了结合特征、形状以及特性约束等信息，将这样的药效团作为一个数据库的检索条件，在包含了成千上万个分子结构的商业或内部数据库中进行查询。DS Catalyst DB Search在检索时还考虑了分子三维结构的柔性。DS Catalyst DB Search模块除了提供检索引擎外，还免费提供Maybridge和NCI的数据库。
DS De Novo Ligand Builder
药效团指导的全新配体构建工具。它采用一种新颖而独特的基于片段的药物设计方法（FBDD），片段放置的位置受药效团支配。这样产生的化合物不仅与蛋白活性位点互补，而且化合物之间的互补性有利于产生新的先导化合物。这个有力的工具能用于迅速产生许多包含与特定靶标结合必需特征的化合物。
Windows
x86 (32-bit, Intel CPU安装32-bit操作系统)
Microsoft® Windows® 2000, SP4 Rollup 1
Microsoft Windows XP Professional, SP2
Microsoft Windows 2003 Server, SP1
Microsoft Windows Vista, Business and Enterprise Editions
Linux
x86 (32-bit, Intel CPU安装32-bit操作系统)
Red Hat® Enterprise Linux 3.0, Updates 6-9
Red Hat Enterprise Linux 4.0, Updates 2-5
x64-86 (64-bit, Intel Xeon CPU安装64-bit操作系统)
Red Hat Enterprise Linux 5
SUSE® Linux Enterprise 10
GNOME desktop on Linux
图形卡
Nvidia: Quadro FX 540, Quadro FX 1100, Quadro FX 1400, Quadro FX 3450
ATI: FireGL V3400, FireGL V5100, FireGL V7200, FireGL Mobility V5200