第二类：CpG岛序列分析软件。此类软件根据一定的规则对基因组DNA序列的CpG岛进行预测。CpG岛的准确预测是进行MSP和BS引物设计的基础。不过，在第一类软件中往往也包括了CpG岛的分析与预测功能。
软件：CpGPlot/CpGReport/Isochore
主页：http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/
简介：由欧洲EBI网站提供的基因组DNA序列CpG岛分析软件，单凭EBI的名气，想必大家对其功能平添几分信任度吧？
文献：暂缺
推荐：★★★★★
软件：CpGProD
主页：http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html
简介：CpGProD也是一款专门针对哺乳动物基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
文献：暂缺
推荐：★★★★☆
软件：CpG Island Searcher
主页：http://www.cpgislands.com/；http://cpgislands.usc.edu/
简介：基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
文献：Takai D, Jones PA. The CpG island searcher: a new WWW resource. In Silico Biol. 2003;3(3):235-40 (PMID: 12954087)
推荐：★★★★☆