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标题: [讨论交流] 一个下载植物病毒序列的快速方法。 [打印本页]

作者: donggua    时间: 2015-7-19 12:09
标题: [讨论交流] 一个下载植物病毒序列的快速方法。
今天刚刚发现这个论坛,发现真的不错,里面有好好东西,可惜现在自己才是新手,所以先给大家点见面礼吧。那么多好书我没有,不过对序列分析,还有一些软件还是有的,如果大家需要可以告诉我。好啦,说说正题吧,

我想大家搞植物病毒的有时要进行一些序列分析,这是少不了的,现在不论搞什么病毒,都要涉及到分子方面的,当然而然的就会要用到病毒的序列。当然每个人都知道NCBI,DDBJ,EBI三个大的数据库里面都很全,大家想要的都能找到。可是问题来了,如果我们想把某个病毒的某个基因所有的分离物下载下来,这可是一个费时费力的工作了,要弄好久而且会累坏双眼。现在告诉你一个好的地方,http://www.dpvweb.net,一个很好的网站(description of plant virus),打开这个网页后,在网页内容顶端会有note这个按钮,鼠标移到这个地方会有一个下拉菜单,选择genera,再选择下一级菜单genera,点击,找到你要下载的病毒所属的属名,点击打开,在content里面选择curated sequences,点击,会显示所有的这个属内的所有的病毒种,你会发现在每个分离物前面都有一个方框,这是你找到你想要下载的病毒,找到你想下载的病毒分离物,只需点击前面的方框即可,选完后,将滚动条滚动到最底端或最顶端,点击get features of selected sequences,然后会进入另一个网页,问你你要下载那个基因,要DNA还是PROTEIN,选择后点击get fasta feature,好啦现在你想要的所有的都出来啦,是fasta格式的。只需复制到文本文档里面即可。


可以见下图(已制作成pdf

http://biosky.haotui.com/attachm ... 78&t=1437278766




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