CDC在中东呼吸综合征病毒基因组进化与溯源研究中取得重...

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导读：中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）是一种新型冠状病毒，最早发现于2012年9月的沙特阿拉伯，可感染人并导致严重急性呼吸道感染，目前认为单峰骆驼是其主要动物来源。2015年5月26日一韩国MERS-CoV密切接触者经香港进入广东，并表现发热症状。随后经广东省疾控中心初查和中国疾控中心病毒病所复查，于5月28日确诊该MERS-CoV密切接触者为中国首例输入性中东呼吸综合征病例。

病毒病所应急技术中心实验室马不停蹄地开展了对病人呼吸道样品进行病毒全基因组测序，在72小时内获得并上传了韩国疫情爆发以来的第一株MERS病毒全基因组序列（GenBank登录号为KT006149，发表于美国微生物学会杂志Genome Announc. 2015 Aug 13;3(4).），第一时间与WHO及韩国专家进行数据共享分析，为MERS-CoV疫情防控提供重要科学依据。

在获得全基因组序列后，病毒病所应急中心立即开展了与中国科学院微生物所及泰山医学院病原生物学研究所专家通力协作，通过对基因组进化和溯源分析发现：中国首例输入性MERS-CoV存在明显的基因重组现象，这一新的重组事件是在B亚群第3组与第5组MERS-CoV病毒间发生的，重组区域确定在ORF1与S基因接合区（17206-17311nt），同时韩国MERS-CoV和最新的沙特流行株也存在类似的现象。溯源分析表明这种重组最早发生在2014年下半年的阿拉伯半岛地区。这一最新研究成果于2015年9月发表在美国微生物学会杂志MBio（2015，6(4):e01280-15；影响因子6.786）。第1作者是中国疾病预防控制中心病毒病所2013级博士研究生王延群同学，通讯作者是国家卫计委医学病毒学与病毒病重点实验室的谭文杰研究员与高福研究员。

著名学者W. Ian Lipkin教授（哥伦比亚大学公卫学院）在同期MBio杂志发表评论文章对该发现给予了高度评价。而美国纽约的科学网站GenomeWeb也发表专文，对该发现进行介绍与新闻评论。一致认为这是中国学者在MERS-CoV研究上一项重要科学发现，该发现对于进一步分析韩国疫情暴发特点、研究MERS-CoV的传播能力和致病性等有重要启示，也显示了中国学者在2003年SARS流行后应对新发传染病科研能力上的重大提升。

原文：http://mbio.asm.org/content/6/5/e01280-15Origin and Possible Genetic Recombination of the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus from the First Imported Case in China: Phylogenetics and Coalescence Analysis

摘要：The Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes a severe acute respiratory tract infection with a high fatality rate in humans. Coronaviruses are capable of infecting multiple species and can evolve rapidly through recombination events. Here, we report the complete genomic sequence analysis of a MERS-CoV strain imported to China from South Korea. The imported virus, provisionally named ChinaGD01, belongs to group 3 in clade B in the whole-genome phylogenetic tree and also has a similar tree topology structure in the open reading frame 1a and -b (ORF1ab) gene segment but clusters with group 5 of clade B in the tree constructed using the S gene. Genetic recombination analysis and lineage-specific single-nucleotide polymorphism (SNP) comparison suggest that the imported virus is a recombinant comprising group 3 and group 5 elements. The time-resolved phylogenetic estimation indicates that the recombination event likely occurred in the second half of 2014. Genetic recombination events between group 3 and group 5 of clade B may have implications for the transmissibility of the virus.