Nature 子刊：用高通量免疫测序诊断病毒感染

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药明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 宣布在《自然》子刊《Nature Genetics》上发表创新型研究论文，结果证明可提供一种潜在的新颖方法诊断慢性病毒感染。





药明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 在《Nature Genetics》上发表论文，介绍诊断病毒感染的新方法（图片来源：《Nature Genetics》）


Adaptive Biotechnologies 是高通量测序领域的先驱性公司和领军企业之一，其专长于结合生物信息学来鉴定分析 T 细胞和 B 细胞受体。这家公司的 immunoSEQ 平台帮助科研人员在肿瘤学、自身免疫疾病、传染病和基础免疫学等领域展开前沿研究。以服务或试剂盒形式，immunoSEQ 测定方法可以高度精细地从单个样品中鉴定分析数百万个 T 细胞和 B 细胞受体。该 immunoSEQ 平台分析工具可提供定量、可重复的测序结果，加上其强大的访问功能以及易于使用的特性，Adaptive 免疫测序平台的准确性和灵敏度优势已经逐步入驻世界各地的实验室，推动癌症和其他免疫介导疾病的突破性研究；同时，该公司也将免疫测序发现转化为临床诊断和治疗手段，以改善患者的护理水平。





Adaptive 结合生物信息学鉴定免疫细胞受体分析（图片来源：Adaptive 官网）


这篇题为“Immunosequencing identifies signatures of cytomegalovirus exposure history and HLA-mediated effects on the T cell repertoire”的文章正是描述了 Adaptive 的计算生物学家如何使用该公司的 immunoSEQ 平台和数据集，通过免疫测序手段来确定分析 T 细胞受体谱系，最终用于诊断人类巨细胞病毒（CMV）感染的暴露状态。


Adaptive 的这项研究是由 Fred Hutchinson 癌症研究中心部分资助的。研究共同作者选择了 CMV 进行原理验证实验，这是因为该疾病约占成年人慢性病毒感染的 30%？90%，并被广泛研究后建立成为公众人群 T 细胞应答的模型系统。使用公共数据，Adaptive 的研究团队分析了 666 名受试者核心队列的 T 细胞受体全谱系，以及另外 120 名受试者的独立验证队列。研究小组制定了一个统计计算框架，通过 CMV 感染状态对受试者进行分类，然后高精度确认了免疫测序方法可被用于诊断 CMV 的感染状态。此外，该团队使用这种方法证明它在预测受试者的人类白细胞抗原（HLA）等位基因方面也表现良好，表明该方法可用于识别暴露于其他病原体的生物标志，甚至疫苗接种状态。






Adaptive 的联合创始人兼创新主管 Harlan Robins 博士（图片来源：Adaptive 官网）


Adaptive Biotechnologies 的联合创始人兼创新主管 Harlan Robins 博士说道：“我们认为通过读取 T 细胞记忆来推断病原体暴露历史的方法具有令人兴奋的潜力。这是一个重要步骤，我们旨在将免疫测序验证为针对各种慢性病毒感染的高敏感度、高特异性和高效益的诊断方法。”


原文出处：

Emerson RO et al.Immunosequencing identifies signatures of cytomegalovirus exposure history and HLA-mediated effects on the T cell repertoire，Nat Genet.(2017).DOI：10.1038/ng.3822.

来源：药明康德

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Immunosequencing identifies signatures of cytomegalovirus exposure history and HLA-mediated effects on the T cell repertoire

Ryan O Emerson, William S DeWitt, Marissa Vignali, Jenna Gravley, Joyce K Hu, Edward J Osborne, Cindy Desmarais, Mark Klinger, Christopher S Carlson, John A Hansen, Mark Rieder & Harlan S Robins

An individual's T cell repertoire dynamically encodes their pathogen exposure history. To determine whether pathogen exposure signatures can be identified by documenting public T cell receptors (TCRs), we profiled the T cell repertoire of 666 subjects with known cytomegalovirus (CMV) serostatus by immunosequencing. We developed a statistical classification framework that could diagnose CMV status from the resulting catalog of TCRβ sequences with high specificity and sensitivity in both the original cohort and a validation cohort of 120 different subjects. We also confirmed that three of the identified CMV-associated TCRβ molecules bind CMV in vitro, and, moreover, we used this approach to accurately predict the HLA-A and HLA-B alleles of most subjects in the first cohort. As all memory T cell responses are encoded in the common format of somatic TCR recombination, our approach could potentially be generalized to a wide variety of disease states, as well as other immunological phenotypes, as a highly parallelizable diagnostic strategy.

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3822.html

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棒棒哒成果