[转移贴]-关于H3 numbering和H1 numbering的问题

rojjer

原帖由yanfengchen 发表于9/7/2011 16:23
我最近在看H5N1，经常在文献中某一位氨基酸位点，以H3 numbering，或者H1 numbering。我不知道这是怎么处理的？如果我知道H1的HA的抗原位点或者受体识别位点，那么能不能知道H5的HA的抗原位点或受体识别位点？希望大家帮帮忙，谢谢！！

rojjer

cloud：
1 、 HA0编码：
以M为编码起点，即ORF翻译的整个蛋白序列，这种方式比较少见。

2 、 HA1编码：
以HA1序列为编码，即首先去掉信号肽然后再编码位置。

3 、 H3编码(H3 numbering)：
以H3亚型的编码表示，即多个亚型的序列一起比对，然后去掉信号肽， 最后都以H3亚型的位置编码。  


cloud：
部分信号肽长度
H1:17     H2:15  H3:21  H5:16  H6:16  H7:18  H8:17   H9:18   
              H10: 17    H11:16   H12:17

yanfengchen：
谢谢
那比如说知道H1N1中的HA的受体识别位点，如果想知道在H5N1中的HA的受体识别位点，是不是可以通过序列比对，然后根据H1中受体识别位点的位置得出在H5中HA的受体识别位点？  


suenmomo：
可以这样认为
这种鉴别方式，简单方便，但相对粗糙

yanfengchen ：
那有相应的文献吗？关于H5 HA 的受体识别位点的，抗原位点的

suenmomo：
很多亚型的都有现在，文章可以在pubmed找出

yanfengchen：
谢谢，那我再试试。我以前都只看到H1N1和H3N2的文献

部分信号肽长度
H1:17     H2:15  H3:21  H5:16  H6:16  H7:18  H8:17   H9:18   
              H10: 17    H11:16   H12:17  
那它们的序列是？？？谢谢


flu：
有没有这种方法的原始文献？谢谢