求助（测序问题）

donggua

原帖：fxd82发表于 2013-5-16 11:20
http://biosky.haotui.com/thread-40936-1-1.html
本人是菜鸟，请大虾帮忙。目前，我在测一个7000多bp的全长，分两段扩增（每段3000左右），重叠区200bp多点，测序结果显示每个克隆的重叠区序列同源性在97%-99.52%，问题是是否重叠区序列100%同源才能正常拼接？怎样才能获得一个正常的全长序列？

donggua

fxd82回复：
谢谢版主回答，我是连接PGEM-T EASY 上的，测了三个，重叠序列都不一样，愁死我了，是100%才能拼起来吗？

donggua

你是连接到载体测序还是 ，pcr产物测序？ 如果pcr产物测序的话 ，前100个不是太准确，也许是造成有差异的原因。可以尝试扩增中间部分，在测序。
如果是克隆到质粒测序，可能需要测多个。。。。