胃癌中EB病毒全基因组测序新方案

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背景介绍

　　胃癌是常见的消化系统恶性肿瘤，其死亡率居全球恶性肿瘤第二位。近年来，随着人们对其发病机制的深入研究发现，其中约7%~10%的胃癌发病与EB病毒（Epstein-Barr virus，EBV）感染有关。

　　Epstein-Barr病毒（EBV）是双链DNA病毒，大约有170kb碱基，超过85个基因组成。研究发现在相关胃癌中EBV具有肿瘤特异性，但致癌作用不明确。因此，研究EBV序列变异模式对了解是否存在特定疾病相关菌株或菌株间的区域差异至关重要。原位杂交技术检测EBER（EBER-ISH）是诊断EBV相关胃癌的指标，但具有一定的局限性，为EBV相关胃癌的临床诊断带来困扰。

研究内容

　　目前已有19个EBV全基因组或部分基因组序列被报道。为了进一步研究胃癌中EBV突变谱，北京大学肿瘤医院研究所、宁夏医科大学联合北京迈基诺基因科技有限责任公司，对EBV相关胃癌中EB病毒进行了全基因组测序。该研究发表在2015年12月的《Oncotarget》杂志（影响因子6.4）上。

　　本研究针对206例胃癌活检组织样本进行了EBER原位杂交检测，其中15例是由EBV导致的胃癌。再对这15例阳性样本抽提DNA，制备文库，使用MyGenostics EBV-Cap技术（由北京迈基诺基因科技有限责任公司提供）对EBV进行全基因组捕获测序并分析基因组变异情况。

　　研究人员发现EBV相关胃癌的临床症状和患者年龄有关联，60岁或者更年轻一些的患者更容易患此病。与GD1菌株相比，在EBV相关胃癌9个基因组中发现有961个突变体，包括919个亚型，23个插入，19个缺失。961个突变体中663个亚型，9个插入，7个缺失是位于基因组的编码区，其他的位于非编码区。EBVaGC1 and 6有更多的非同义突变。9个基因组中非同义突变主要发生在潜在基因和编码内膜蛋白的基因上（如图所示）。

　　EBV核抗原EBNA1和潜伏膜蛋白LMP2A是潜伏期细胞主要表达的基因，并且基因序列在菌株间存在广泛的变异。EBNA1靶向T细胞识别抗原受EBNA1序列多样性的影响。这为以后EBV相关胃癌的疫苗开发和T细胞治疗提供了新的思路。

研究意义

　　EBNA1基因V-Val突变亚型在亚洲是主要的突变类型。基于EBNA1和LMP1基因的系统发育树和EBV全基因组分析表明9个GC-EBV菌株和亚洲EBV菌株关系较近，而和非亚洲EBV菌株关系较远。这一发现也说明，EBNA1和LMP1的突变具有地理区域性而不是肿瘤特异性。这也为EBV相关胃癌的分型及区域化治疗提供了理论基础。

MyGenostics EBV-Cap基因捕获技术

　　利用迈基诺独有的EBV基因捕获探针与DNA文库混合将目标区域基因片段杂交到探针上，进而通过生物素和streptavidin的磁珠结合被吸附到磁珠上。通过洗脱处理就能够将非目标区域的DNA片段洗掉，得到所需的目的基因，利用新一代高通量测序技术对目标基因区域进行测序、分析，从而找出研究或临床上所需要的生物信息。

参考文献：Genome-wide analysis ofEpstein-Barr virus (EBV) isolated from EBV-associated gastric carcinoma(EBVaGC)