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荧光定量PCR引物设计:对于mRNA transcript variant问题的处理

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发表于 2015-9-23 14:40:30 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
在进行荧光定量PCR设计引物前,我们在NCBI上查mRNA时,经常会遇到transcript variant,对于mRNA transcript variant,问题的处理我发表一下几点个人的意见,希望更多地人进行补充:

1、不同的transcript variant在功能和作用上可能相近或者相反,这个要查文献资料才能够了解知道你真正需要的哪一个transcript variant,需要用荧光定量PCR检测哪一个transcript variant的表达。

2、首先你要对了解你需要做什么方面的研究,了解这个基因的结构,通过DNAMAN比对,找出共同的基因以及不同的基因序列,例如,一个基因可能有两个transcript variant,这两个transcript variant包括不同的外显子,第一个1、2、4,第二个1、2、8,通过DNAMAN比对,找出共同的基因序列为1、2,不同的为4和8

3、其次,如果你想检测基因总体的表达水平,你就要将引物设计在他们共同的区域,即1、2外显子区。如果你想检测某个transcript variant的表达,你的引物至少一条因该落在transcript variant的不同基因序列区域

4、最后,如果你想在ncbi上查找某个基因的mRNA的完整序列的时候,最后输入基因名字+complete cds,这样可以尽量避免transcript variant的出现

本文来自中国生命科学论坛,原文地址:http://www.cnbiosci.com/thread-23-1.html

想检测整个基因的表达(不管表达的是哪一个剪切体)还是只想检测3个剪切体中的 一个!
因为有的基因,其不同的选择性剪切体的表达有组织特异性!(tissue-specific expression)。
因为不同的选择性剪切体编码不同的蛋白质,其行使的功能不一样!
检测整个基因的表达--做RT-PCR时,针对3个剪切体共有的序列设引物!
检测某一选择性剪切体的表达----针对该剪切体独有的序列设计引物!
不同剪切体的序列可以在NCBI上找到!


要研究的一个基因有多种转录变体(transcript variant),如何设计引物来分析基因的表达情况?
我要研究的一个基因有多种转录变体(transcript variant),如何设计引物来分析基因的表达情况?

其他回答
具体的中文怎么表达我不清楚,不过mRNA有transcript variant 表明最终翻译表达的蛋白可能有不同的isoform,这些isoforms有同样的名称,他们的基因名称一样。比如一个m基因,它的mRNA有2个transcript variant :transcript variant 1和transcript variant 2,表达的蛋白是M,有两个isoforms,分别是 M isoform 1和M isoform 2(也许会有通用的不同后缀,如α,β等)。它们也许在功能上作用相似,或不同,要查具体的资料才知道。要看你的具体需求确定需要哪个transcript variant ,或者直接找所有transcript variant 的相同序列(如果是设计引物的话)。

其他回答
如果是针对总的基因表达产物,可以寻找变体的共有序列(common sequence)——针对共有RNA序列的特异性探针和针对共有多肽序列的特异性抗体,分别用于检测mRNA表达水平和蛋白质水平。
如果是想检测某个剪接变异体,可以针对其特有序列设计探针、制备抗体。

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