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如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图

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发表于 2015-5-13 08:52:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
来源:医学生学术

0 T$ C* L% M$ F& K% y
  您还在为做统计图头痛不已吗?还在一边抱怨excel怎么这么笨却又不想从零开始学习那些复杂的统计作图软件吗?有没有什么解决的办法呢?
6 s" B. I% U$ r5 g4 [& ^& ~
  小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。

/ N7 ~/ E5 d/ V
——正式开始——
. M% [/ p" ]9 k. c% w
1. 折线图

; N$ m! F4 n9 ]; f2 r9 [+ D* n
  折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。
! W* B5 [6 v6 ~8 d  s7 a3 J
1.1 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图
% {! @1 i1 f) x
Time (days)
OA
0.
0.942
0.846
0.691
0.515
4.
0.717
0.836
0.653
0.483
24.
0.408
0.367
0.342
0.231
48.
0.451
0.409
0.335
0.196

( w; [2 ?4 \+ T% ^' z6 s
  打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图:

1 h0 T% W. I; e6 B: c8 f1 z1 K" u
! v7 z! V9 n4 m1 b' D7 u

7 `% H  [/ D  w5 {2 X2 M, H( S" F7 |
  在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图

! {+ S0 k, c  _
0 {8 |8 ~' B4 H5 ?/ m7 V6 {$ A

: S/ c' K. C1 G# Z" ~( @/ ~0 ^
  软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧?

8 K. i2 l$ R% U7 l

+ q: d% Z( ~) I/ G" l8 i5 ]
1.2 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图
1 P; P+ j/ K- L

& V8 m8 B1 X; m9 ]* o
4 n/ N! Z0 U8 [4 O% w
  打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表,见下图
0 U( W1 i+ ~7 ^' u. k
5 _+ a# J7 V+ E1 Y! D

8 g/ f$ v- ~5 e% w+ r
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4

* |+ N: {! f2 G: p5 I
3 @" G, W4 E8 p7 M
3 R# B0 F; B( N% s
  在Data栏中输入数据

5 k' e6 Z) V* s, i

1 ?0 V& t6 i5 @1 g, R

4 ~7 B6 ]: I" h, b+ S0 T
  软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后得下图:
% C/ g) `" [! _9 O0 a5 T
8 C# W, U$ b. [; X
4 t9 q0 A% H/ Q% J0 z
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图

( K; A0 f9 w  [7 h
  如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图
( E* V0 {- D. {5 @# F9 v
Table3
Time (days)
OA
Mean
SD
0.
1.000
0.17
4.
1.725
0.21
24.
2.133
0.41
48.
1.859
0.56

1 C; S7 J  _; Y5 O  w9 F) ]. C
新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图
8 \- N. C4 C" R/ `
1 @1 T! E7 C* x4 f1 y

6 Y6 e; ~* O3 Q/ b* Y, |
在data栏中粘贴数据,如下图

, \$ X2 E! o" m/ ~1 m( `' Y/ B# g
% ]1 d6 @6 a. F: l$ Q7 X% y( f" \
- s& Y* f  C! A/ n
  打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了:
) g- f# r* }- Z& _: @
4 I4 N) Z5 G8 {4 c2 ^. D
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图

: e) G6 k2 w7 l$ `/ X& e6 c: T* G
  如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和1.3的一样。
4 a) h" {$ Y7 P' ]5 H
  a# l, X' \! r6 s* F' ]
7 ]9 o- a3 l: x
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图:
2 s1 X# B1 D3 w) M
. Q3 g& k. k: z' K0 @* {
4 [! `6 t" p9 x: Z
  将数据粘贴进去
+ Q9 t7 O4 @/ H) N  u6 f- h

0 r) w' o9 T# a7 X5 C
$ h4 Q2 f* i, @/ D) N
  软件即时生成的图如下图所示:

" K( q& U" ?  S

3 {1 E4 V4 y5 v/ S* W
, Z% |% X$ n+ O8 [6 f* p
折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做
8 G: I4 f3 n9 K+ y" m" |7 M
2. 柱状图

; n2 _' k( |: @( p; h1 g
  柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例

9 }' ^7 q3 W5 B% l9 h" U: m
2.1根据Table 5的原始数据做柱状图

. R. }- S" [7 |2 @+ f" a- h
Table 5
Control A
Control B
Sample1
0.942
0.717
Sample2
0.846
0.836
Sample3
0.691
0.653
Sample4
0.515
0.483

& b, i2 {9 L, G5 O' n, W: {
  选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。
# A  q* k* A# }9 G

/ R+ l* w  H! Y9 ^

3 @& z3 ^& x4 p2 b. V" T
在Data分栏中输入以下数据
1 N. T1 L% Q$ F- w) W: W& j9 H
9 l- p! E$ {! c* x" V0 p# \+ S

" v1 n6 B) @) a( j
软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图,见下图:
0 r3 ~% x& U/ ?+ @

4 N, u7 |- p& o$ j' D3 b
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图

  j6 e- Q5 j* B+ W/ I0 Z3 ]
Table 6
Group A
Group B
Control
0.942
0.846
0.691
0.515
,
0.717
0.836
0.653
0.483
Treated
0.408
0.367
0.342
0.231
0.451
0.409
0.335
0.196

5 u. S7 @: N) v
  这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图:
4 D$ C1 H9 l+ d9 W& ~9 f4 S
$ C% S' g( {9 b/ K

: N, b" G2 T/ x2 R& ~6 C- J
  在Data分栏中输入以下数据

. v3 v+ N# y6 B( R! ^" M  R: W' A

: z1 }/ B% r% A9 v
; |. ?' d/ q, u3 ^! X' W, U
  软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图,如下图。

/ F- @7 r/ k: C0 ]; M! ^
3 L3 T7 K7 J: C- Q
2.3如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图
, x5 n( t6 n- o4 q4 {/ Y! M7 o
Table 7
Control
Mean
SD
A
1.000
0.17
B
1.725
0.21
C
2.133
0.41
D
1.859
0.56

. T! I9 F( q* H4 B+ b$ i
  仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
4 y- A2 c) Z: _2 k- H
4 f( \! v3 b7 H: c2 J

6 \7 x9 q: `( P: K! u
  软件及时生成柱状图,如下图
% a$ T2 N  ^1 p) I; P* X1 K- @

% A* p4 b$ r$ Y4 Y
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图

5 c0 ^: n. g4 I! d7 a+ \$ A
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图

2 K/ r1 E% Y3 p: E% n% U* j7 ?
Control
Treated
A
1.000
0.17
3.604
0.31
B
1.725
0.21
2.534
0.43
C
2.133
0.41
3.381
0.74
D
1.859
0.56
3.913
0.93
! S2 ^3 @2 Z, A+ R3 d
  操作步骤和2.3一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
: b1 d; R; e, Z4 p

. }$ B: V# P- p

! N0 T. T6 n* u9 ?- C5 h. l
在data栏中输入数据
) y8 _. f: P' u& _3 C
3 J! ?( }' m4 i
+ N) j/ z2 i* b. I
软件即时生成的图如下图

/ O- L* k' {1 h7 d/ x$ k. A

- q0 I) m: I* O0 ~
2 h( I* g4 c9 G  `
折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律:
, z3 O: g8 L% S9 X6 n* {  ^, F* m
一、折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二、柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。

7 m& G; i0 C, E7 t# m9 p
3. 组合和导出图片

4 Z; c) T( |; m! \
点击layout栏,出现下图所示界面

. I+ U- J$ k% n) @. {
/ ?. k4 J5 B9 p
. A7 n. d9 D& |% @
. s) l- `* G4 |
  根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列

% S5 O3 v' r# N2 B' O# O
  R; W* |) r5 |
$ ~, R! i0 L; \
  将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号,完成后如下图所示

. a/ ^8 K, v  A* |1 `1 L
6 i! b4 |. M9 ~
7 u' {  l' }# S( N; |/ O
  然后导出图片:点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度,如下图
: ], D( b- j: m) }0 Z9 t) V* I# @

. ?4 j  o' H! U7 M$ j
; f, s1 y9 E$ V; R) |$ ?: [4 N
  点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了,见下图
6 ?% h, w% I4 u/ E& S3 E( `6 @, r

" H- I4 N% C9 Y

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 楼主| 发表于 2015-5-13 08:55:08 | 显示全部楼层
补充,对于样本量少于5的Groups图,不建议做柱状图,而应该做散点图。

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论坛元老

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发表于 2015-5-13 09:12:24 | 显示全部楼层
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!: m+ C3 z9 x" h  N% Y; h
3 u( j, I' Z* Y- B

1 L4 y. o' l  Y: X* S  w+ B比起SAS、SPSS来说,这个GraphPad Prism易学易用,建议微信号推广一下         

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 楼主| 发表于 2015-5-13 09:25:05 | 显示全部楼层
walkundersky 发表于 2015-5-13 09:12
- n5 f; U3 w9 _- t2 }( a  ~6 C7 A满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
. C  w1 F6 C" ]" G: H# C+ c
刚好微信圈有这个,就转过来了。

9

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病毒学院小学生

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发表于 2015-5-13 17:01:15 | 显示全部楼层
很棒的软件啊!表示喜欢!
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