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如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图

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发表于 2015-5-13 08:52:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
来源:医学生学术

. @+ z# T+ {7 V, ]' g) N1 d/ l
  您还在为做统计图头痛不已吗?还在一边抱怨excel怎么这么笨却又不想从零开始学习那些复杂的统计作图软件吗?有没有什么解决的办法呢?
! B3 b) v; j3 l% Q
  小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。
/ i1 f/ k, ^7 a" v& S1 d7 r
——正式开始——

; v* L' a: x3 L3 {; o
1. 折线图
" q: z! O! E  m( n( n: Q* h7 [$ W) l
  折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。

' H$ r$ U$ t4 H( V/ i
1.1 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图
4 q% H% y2 G+ G5 P8 k
Time (days)
OA
0.
0.942
0.846
0.691
0.515
4.
0.717
0.836
0.653
0.483
24.
0.408
0.367
0.342
0.231
48.
0.451
0.409
0.335
0.196

2 ]) t/ M, R5 \3 N& r
  打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图:

/ q1 ]& o( E- b( M

4 o$ ~6 h( G/ A/ a& B' Z
/ L5 A- r* [) X. c8 e9 h
  在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图
1 E+ k9 I1 X7 Q
) L8 B  a6 K! c" m3 G
8 \4 ^5 S: g5 G3 n( Y
  软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧?

5 K1 p* a" ~/ M2 o- P- w5 k  F+ [

( D/ [. F; b$ O: r4 ~) l
1.2 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图
2 K# h. q. R5 t3 r- p# r/ }

7 r( n. i6 o# w* ?% ~; @8 [1 Q2 \: G
9 j+ q4 G+ E* E  `( N9 ^( _! e
  打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表,见下图

  r& b5 H+ v7 ?! c3 ~6 f. \

! a, w1 x7 O* _: G2 I% ]

0 G, c+ y+ c4 `) X
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4
  R; z+ _0 M; T' i5 z% E
( m! C* d) o- W. r4 J/ h- f9 R
9 w" J. p1 p5 o: X) H
  在Data栏中输入数据
; @( z- ~, Y0 _4 G: E1 j6 _
3 {; q, L( a+ [8 W$ p5 D# I
. J: X0 \: u2 T; B# o0 z
  软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后得下图:

, e6 O& h" {9 E

" _! w4 z, F. k7 M

5 @& T; o! l' s0 `
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图
7 K8 K  F0 O; _0 m5 C# v9 j
  如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图

; W' v! u# j* a: Z1 U  b0 T5 S
Table3
Time (days)
OA
Mean
SD
0.
1.000
0.17
4.
1.725
0.21
24.
2.133
0.41
48.
1.859
0.56

/ o4 T- K8 Z7 w0 i3 x
新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图
; j3 h% y* n9 r5 j& c6 p0 @
5 V( N8 z9 a0 }
  E+ l# S( o1 Z$ q7 p3 f- `6 Z
在data栏中粘贴数据,如下图
2 V  \# j2 F% g: I

0 n- O1 q/ ~. L4 }/ A' A

% S7 i$ Q+ z, I( h; o4 e
  打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了:
3 z+ l- s7 D% g* f! s
: q4 V: h1 V% @, I5 O  u
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图

. u$ I. x7 @! j, t0 U/ h; j
  如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和1.3的一样。
0 ~& K/ Z8 C1 m2 N- D& i
+ ~7 p+ ?* ^& C3 I7 _3 B
7 S1 [# p  u; C9 `9 r5 g( R3 [* x
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图:
% e9 P/ F) d& Z* `6 E

9 [& c% g3 C; o  [7 @/ q8 o
, P, b3 G$ o% p( e+ E& m
  将数据粘贴进去

. }# {4 Y9 ~5 {; M! K
% K# W5 Y5 S  G3 J

7 ^/ f7 p$ U+ g& p' L  [
  软件即时生成的图如下图所示:

4 S+ k/ T6 ~+ B

: \$ h4 T- z9 k* Y6 Z- w8 y

- m% p! R% z9 W$ g6 S. }
折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做
# Y- d9 H- |, u
2. 柱状图

  g* {8 _1 Q9 r1 [! t- l+ }
  柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例

  p: ]  p* H3 r- l0 t& K; E
2.1根据Table 5的原始数据做柱状图
% V/ z6 [; I# f" d
Table 5
Control A
Control B
Sample1
0.942
0.717
Sample2
0.846
0.836
Sample3
0.691
0.653
Sample4
0.515
0.483

4 B2 g* o8 u0 S+ F$ \# D* `
  选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。
( I7 g  P* v4 n
) y9 a& p8 z& W9 s1 }4 L

9 g* r( L* R9 J5 O- g" T) a$ S
在Data分栏中输入以下数据
+ ^1 D0 _& d; X; X% x' {
- b2 v) h9 |& U) \' z- R3 C

4 _7 h; P. z$ S7 u* T' S/ `/ B7 o( B
软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图,见下图:
) V) u4 c, Q3 L
2 t6 o$ M5 O6 q6 O! y! C
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图
6 G; d- Z. M9 O5 C8 w, _7 v
Table 6
Group A
Group B
Control
0.942
0.846
0.691
0.515
,
0.717
0.836
0.653
0.483
Treated
0.408
0.367
0.342
0.231
0.451
0.409
0.335
0.196
) v3 j# a) x; Y* ^
  这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图:
" M2 N$ U0 b5 l& A# C" ^
0 y! W/ _2 U- R" P, r) _
. w7 A( @( F, F
  在Data分栏中输入以下数据

' f+ a0 G2 Z" P

+ ^6 I) G4 @3 T2 ~- H5 ^

- f$ s, I1 \& H( @( O* S
  软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图,如下图。

, v5 F# [- s+ Z
$ e& M  e. Y6 x4 F. Y7 |
2.3如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图
" \4 J$ D  Q$ V! P& ?& D
Table 7
Control
Mean
SD
A
1.000
0.17
B
1.725
0.21
C
2.133
0.41
D
1.859
0.56

# [, x# G9 K/ Y! @* ?0 c( P
  仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
1 m8 q+ }! f# ^3 r+ K  x+ C! N9 w
, q, `+ g( C% z2 S

, I0 O& i2 E: ?: x( \  H$ f
  软件及时生成柱状图,如下图
9 k+ \( _8 E$ e# g9 W

( P) O$ ]7 N' s! l" l  Z
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图
3 E2 W; J1 B- B. r/ j1 u7 z
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图

$ \1 s; ^% `, X, Q$ c$ K
Control
Treated
A
1.000
0.17
3.604
0.31
B
1.725
0.21
2.534
0.43
C
2.133
0.41
3.381
0.74
D
1.859
0.56
3.913
0.93

% z3 n# s! Z1 p, w; u
  操作步骤和2.3一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
* Z& r6 [& o, A: O% R2 [

/ M. x% d  i/ \$ m) e3 n# z1 {

" b3 Q6 c4 T3 r9 b$ {# [! U0 A6 F
在data栏中输入数据
& S* r; E, g: O  i2 H$ E& }
( m) ^. i9 {  _9 i8 B
7 u  l+ D$ I- `( t3 i
软件即时生成的图如下图
! ~: @: k2 V  t/ b# F3 Q2 O

5 C) e' q* Z( g
( n- Q- Q6 I* W( q; q( U2 D
折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律:

4 b9 ?9 o2 O- w
一、折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二、柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。
3 f# W: R- w. L; q- Y
3. 组合和导出图片

8 p# u# _9 r6 b3 D) j1 A
点击layout栏,出现下图所示界面
( l6 d: f$ D3 `  I( x

( n- ]# C1 f0 x: \/ ]' q
3 x$ ~! X! m, A  K# [

* {& }. T) H0 `; a* o; d
  根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列

6 j+ M0 i+ H6 l, F) B& A  d, ~8 q
: r" F2 D; \9 v3 T
% M5 {& F& S6 n
  将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号,完成后如下图所示

9 i) K; `. Q+ M& l- ~8 _
. I8 L- K5 f* x
. Z. g$ x; c- Q5 f' H, ^
  然后导出图片:点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度,如下图
" S: Z, b% u6 j' K2 L% u3 P. Z

8 @5 E5 P( U! i8 x; k

7 {9 Z' q. J. u4 r; {, Q
  点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了,见下图

' e5 ?$ z- E" W( l$ t, K. I

5 m% X; [3 p0 d* S6 B

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 楼主| 发表于 2015-5-13 08:55:08 | 显示全部楼层
补充,对于样本量少于5的Groups图,不建议做柱状图,而应该做散点图。

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论坛元老

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发表于 2015-5-13 09:12:24 | 显示全部楼层
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
- i3 D9 Q8 H( g0 d1 L7 G/ p0 {: f2 K; o: F& i% L+ G+ ?4 }" [
4 u5 w" P6 N) P- \
比起SAS、SPSS来说,这个GraphPad Prism易学易用,建议微信号推广一下         

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 楼主| 发表于 2015-5-13 09:25:05 | 显示全部楼层
walkundersky 发表于 2015-5-13 09:12: p. Z- I+ t4 Z  {' Z1 n
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!

2 C& {' |3 R: q$ y) r! z* r刚好微信圈有这个,就转过来了。

9

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病毒学院小学生

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发表于 2015-5-13 17:01:15 | 显示全部楼层
很棒的软件啊!表示喜欢!
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